Transfert d'énergie intermoléculaire par résonance noire (DRET) : application aux duplexes d’ADN
La sensibilité du FRET est généralement limitée par les recouvrements spectraux du donneur et de l'accepteur. Pour surmonter cette limitation, un donneur éteint présentant un grand décalage de Stokes peut être combiné avec un accepteur brillant pour réaliser un transfert d'énergie par résonance noire (DRET). La réponse fluorogène résultante de l'accepteur améliore considérablement le rapport signal sur bruit. En collaboration avec l'équipe d'A. Burger (Université de Nice), notre objectif était de développer la première paire DRET intermoléculaire pour la détection spécifique de séquences d'acides nucléiques. Nous avons conçu la sonde push-pull DKF qui a été incorporée dans une série d'oligonucléotides et utilisée comme donneur de DRET avec des séquences complémentaires marquées au Cy5. L'excitation de DKF dans le duplex induit l'émission de Cy5, sans excitation croisée. Ce concept a ensuite été appliqué à des sondes binaires, confirmant la dépendance à la distance du DRET ainsi que sa capacité à détecter des séquences d'intérêt avec un faible bruit de fond.
Référence : Intermolecular dark resonance energy transfer (DRET): upgrading fluorogenic DNA sensing.
Nucleic Acids Res. 2021 Jul 9;49(12):e72. DOI: 10.1093/nar/gkab237
